Από το καλοκαίρι του 2008 ξεκίνησε στον Γ.Α.Ο. Κουκουβαούνων μία νέα προσπάθεια στα τμήματα υποδομής του μπάσκετ με το βάρος να πέφτει στη σωστή οργάνωση και τον σωστό προγραμματισμό.
Αυτό έχει ως σκοπό μέσα στα επόμενα χρόνια να αναδειχτούν αθλητές και αθλήτριες που θα στελεχώνουν το ανδρικό και το γυναικείο τμήμα.
Οι ακαδημίες απαρτίζονται από 250 παιδιά. Κάθε τμήμα της ακαδημίας κάνει τουλάχιστον τέσσερις προπονήσεις την εβδομάδα. Με αυτό τον τρόπο η ακαδημία λειτουργεί σαν ένα σχολείο του μπάσκετ όπου το κάθε παιδί μαθαίνει τα βασικά του αθλήματος ανάλογα με την ηλικία του κάνοντας αργά αλλά σταθερά βήματα. Οι προπονήσεις των τμημάτων πραγματοποιούνται στο κλειστό γυμναστήριο Κ Αρβανίτης.
Αρχιπροπονητής και προπονητής στην αντρική και παιδική ομάδα είναι ο παλιός άσσος κ. Γιώργος Κουκλάκης που είναι γνωστός στους παλιότερους από την πολυετή θητεία του στην Α1 κατηγορία σε ΠΑΟΚ, ΑΕΚ κ.α.
Όλα τα τμήματα από το μίνι μέχρι το εφηβικό συμμετέχουν στα αντίστοιχα επίσημα τουρνουά της ΕΣΚΑ ενώ τα υπόλοιπα τμήματα της ακαδημίας συμμετέχουν σε τουρνουά και φιλικούς αγώνες με θεαματικά αποτελέσματα.